Prevalece el del objetivo, no hace falta desconectar nada, mira este hilo de nikonistas (5ª respuesta):
www.nikonistas.com/digital/foro/?showtopic=188867
Respecto del estabilizador, éste no tiene nada que ver con el foco, sólo es un mecanismo giroscópico que compensa las vibraciones en sentido contrario al que se producen. Sólo sirve si disparas a mano, en caso de usar trípode, es mejor desconectarlo para no confundirle.