Yo lo suelo hacer con los RAW y en Photoshop tanto las panos como el HDR, creo que así pierdo menos información. En cuanto a el problema que tienes .... no sé, ¿has comprobado el perfil de color con el que exportas la fotografía ya terminada?. Se que es una tontería, pero a veces se nos pasan estas cosillas porque las damos por hecho. Espero que le encuentres solución.
"Si sabes esperar, la gente se olvidará de tu cámara y entonces su alma saldrá a la luz." Steve McCurry.